진화의 핵심종은 다른 종들보다 자신이 속한 생태계에 큰 영향력을 미치고 있습니다. 예를 들어 미국의 북서해안에서 오커불가사리가 사라지면, 생태계는 큰 변화를 겪게 됩니다. 이 불가사리가 사라진다면, 그들의 주식인 홍합이 창궐하여, 그곳에 사는 다른 생물들이 피해를 입습니다. 오커불가사리는 이곳의 최상위 포식자로서, 그 식습관이 생태계의 구조를 결정해 왔으며, 이 때문에 핵심종으로 알려져 있습니다. 만약 비버들이 서식하는 물가에서 미루나무 한 그루를 없앤다고 해도 큰 영향은 없을 것입니다. 그러나 비버가 사라진다면, 습지는 마를 것이고 그곳에 사는 식물과 동물의 종류는 변화할 것입니다. 비버는 주변환경을 변화시키면서 영향력을 끼치기 때문에 생태계 기능공입니다. 물론 아주 작은 생물도 생태계 기능공이 될 수 있습니다. 작은 산호들이 만든 거대한 탄산칼슘 구조물도 주변 생태계를 크게 변화시킵니다. 그들은 해안을 보호하며, 여러 물고기와 무척추동물종들이 살 수 있는 복잡한 서식지를 만듭니다. 이렇게 생태계를 변화시키는 아주 핵심적인 역할 때문에 핵심종과 생태계 기능공은 생태계 보전 계획에서 주된 요인이 되었습니다. 예를 들어 공간이 제한적인 아프리카의 보호구역에서는 코끼리가 보호구역 안의 제한된 생태계에 너무 큰 영향을 끼치지 않도록 코끼리 때를 축소시킵니다. 미국 내륙에서 검은 꼬리프레리도그는 농부들에게는 골칫덩이지만, 초원복원 운동가들은 그들을 선호합니다. 그들 없이는 많은 동식물들이 생존할 수 없기 때문입니다. 예를 들어 검은발족제비와 가시올빼미를 포함한 9종의 생물들은 프레리도그에 의존하여 먹이와 보금자리를 구합니다. 다른 수십여 종의 동식물들과 새들은 프레리도그를 잡아먹거나 프레리도그의 굴에서 같이 살며, 또 토양의 통풍이나 풀의 성장을 돕는 프레리도그의 활동으로 많은 혜택을 얻습니다.
관계는 동일한 지역에서 진화하는 생물들끼리는 필수적입니다. 어떤 종은 다른 종인 것처럼 위장을 하기도 하고, 또 어떤 종은 다른 종에게 먹이가 될 것을 제공하기도 합니다. 다른 물고기의 기생충을 먹고사는 산호초 속의 청소놀래기는 후자입니다. 황로들은 소 떼에 붙어있는 벌레들을 먹이로 삼습니다. 이들은 케냐의 누, 인도의 브라만 황소나 중국 쓰촨 성의 물소, 호주의 캥거루에 붙어 있는 벌레들을 먹기도 합니다. 아카시아나무는 아카시아 개미와 밀접한 관계를 맺고 있는데, 아카시아 개미들은 공격적이어서 초식동물이 이 나무를 먹으려고 접근하면 달려들어 막습니다. 생물들의 관계는 서로 이득이 될 수도 있고, 한쪽만 득을 볼 수도 있고, 서로 아무 이득이 없을 수도 있습니다. 포도 덩굴은 나무를 휘감는 능력을 이용해 에너지원인 태양에 가까워집니다. 그러나 포도덩굴이 휘감은 나무는 보통 시들고 맙니다. 다른 예로, 콜레라 바이러스는 복제하여 번식하기 위해 숙주가 필요하지만, 숙주는 이런 과정에서 질병만 얻을 뿐 아무런 이득이 없습니다. 꽃등에는 마치 벌처럼 생겼고, 호닛 플라이는 말벌을 닮았습니다. 이들은 모두 침이 없지만 벌과 같은 색을 통해, 포식자들이 이들을 벌로 보아서 건드리지 않게 속입니다. 기생충은 숙주를 완전히 죽이지 않으면서 숙주로부터 영양분을 얻습니다. 그리고 인간의 장에 사는 세균은 음식물이 영양분으로 분해되는 것을 도와, 인간이 이를 통해 에너지를 얻을 수 있도록 합니다. 세균이 도와주는 소화는 두 개체가 어떻게 서로의 이득을 위해 공생할 수 있는가를 보여줍니다.
토착종인 곤충과 동식물이 긴 시간에 걸쳐 함께 진화해 온 생태계에서 개체군의 균형을 통해 생태계의 전반적인 다양성을 지킵니다. 하지만 때때로 생물은 자연적인 통제나 균형이 없는 새로운 환경으로 옮겨지기도 합니다. 농작물이나 여행객이 전 세계를 하루 단위로 이동하는 요즘 세상에서는 이러한 일이 더욱 많이 있습니다. 새로 이주해 온 생물들 중에는 빨리 사라질 수도 있지만, 어떤 것들은 성공적으로 침투하여 토착생물들과 경쟁합니다. 토착 생물이 아닌, 어딘가에서 이동해 온 이런 생물을 침입종이라고 합니다. 침입자들은 동물이거나 식물일 수 있고, 심지어는 바이러스나 세균 혹은 다른 단세포 생물일 수도 있습니다. 갈색나무뱀은 지금까지 괌에 있는 13종의 새들을 잡아먹어 왔으며, 이 중 몇몇 새는 거의 멸종되었습니다. 아시아 긴가시벌레는 미국 뉴잉글랜드 지역의 단풍나무를 위협하고 있습니다. 유럽에서 온 찌르레기들 때문에 미국 동부지역에서는 파랑새를 찾아볼 수가 없어졌습니다. 국제 자연보호 협회에 따르면, 서식지 파괴 다음으로 침입종이 지구의 생물다양성에 가장 위협적인 존재라고 합니다. 부레옥잠은 호주에서부터 짐바브웨까지 세계 많은 곳의 수로에서 자라고 있습니다. 보랏빛이 도는 푸른색 꽃을 피우는 이 식물은 빽빽하게 수면 위를 채우고 있으며, 배나 동물들이 지나가기 어려울 정도로 두껍게 엉겨 붙어 있습니다. 이들은 또한 다른 식물들의 영양분을 다 빼앗고 햇빛을 차단합니다. 그래서 과학자들은 부레옥잡의 해충을 도입하는 방안을 연구하고 있습니다. 아마존 강 유역의 매미충이나 파리 혹은 다른 곤충류들은 부레옥잠을 없앨 수 있습니다. 현재로서는 생태계 보전을 위해서 이러한 해충을 이용해 부레옥잠에 영향을 주는 것이 가장 효과적입니다.