서식지의 기후는 장기간의 평균적인 날씨를 뜻하며 예측할 수도 있습니다. 미국 로스앤젤레스의 여름 기후는 맑고 건조합니다. 인도 뭄바이에서는 장마가 6월에 시작되며, 비는 대부분 매일 오후에 내리고, 습도가 아주 높습니다. 기후는 생물이 성장하고 번성하는 것을 결정하는, 물, 기온, 햇빛과 같은 중요한 요소를 변화시킴으로써 그곳의 생태계에 영향을 끼칩니다. 오랜 기간 동안 동식물은 자신들이 속한 곳의 기후에 적응해 왔습니다. 온대 지방의 구근 식물은 겨울철에는 동면 상태가 되었다가, 봄이 와서 기온이 올라가면 다시 싹을 냅니다. 고지대의 거친 환경에서 자라는 툰드라의 식물은 길이가 짧습니다. 동물들의 생활주기와 활동도 기후에 적응합니다. 예를 들어 아이다호의 옐로스톤 것 스로트 송어는 4월경이 되면, 눈이 녹고 흐르는 물의 양이 많아진 것을 통해, 산란하기에 적절한 시기가 되었음을 알게 됩니다. 기후는 오랜 시간을 통해 변화합니다. 보기 드문 추위나 더위, 홍수 또는 가뭄의 기간이 몇 년 동안 연이어 반복되면 먹이 그물에 많은 영향을 미치는데, 이것이 기후변이입니다. 만일 이러한 기후 변이가 오래 지속되어 이것이 표준이 되면 기후변화가 이루어집니다. 기후의 변화와 변이는 이전 상태에 적응해 있던 동식물에게 혼란을 줍니다. 생물들이 새로운 환경에 적응하지 못하고, 이주조차 하지 못하면, 멸종 위기에 처할 수 있습니다.
지리의 형태가 동식물종의 진화에 큰 영향을 미칠수 있습니다. 같은 종의 생물이라도 산맥이나 협곡, 물의 흐름 등으로 오랜 기간 격리되면, 멀리 떨어진 두 집단의 DNA는 다르게 진화합니다. 두 개의 개체군이 너무나도 다른 모습으로 진화하면 다시 만난다 하더라도 더 이상 서로 짝짓기를 할 수 없으며, 결국 새로운 종이 됩니다. 인도 서부에서는 토종 코끼리 개체군이 인구가 증가하면서 원래 살던 범위를 벗어나 여러 보호구역으로 여러 곳으로 흩어지게 되었습니다. 이 코끼리들의 DNA를 연구하던 보전생물학자들은 놀라운 것을 발견하였습니다. 인간으로 인해 흩어지기 훨씬 오래전에, 인도코끼리를 비롯한 다른 많은 종들이 서고츠 산맥을 경계로 이미 나눠져 살고 있었습니다. 이 산맥은 많은 동식물들이 수천 년간 넘을 수 없는 거대한 지리적 장벽이었습니다. 팔가트 골짜기를 경계로 남북으로 갈려 수천 년을 떨어져 있던 코끼리에게는 유전적으로 많은 차이가 있었습니다. 유전적 다양성은 어려운 시기에 멸종을 피할 수 있는 중요한 방어기제가 됩니다. 코끼리의 개체 수가 줄어드는 이유 중에는 유전적 다양성의 감소뿐만 아니라, 서식지의 감소가 있을 수도 있습니다. 서고츠 산맥의 지리적 장벽으로 인해 유전적으로 뚜렷이 구분된 집단들이 보존됨으로써 전체적으로 더 다양한 인도코끼리 개체군이 보존되었습니다. 수가 적고 멸종 위기에 처한 개체군들에게 이러한 다양성은 생존이냐 멸종이냐의 차이를 결정할 수 있습니다.
경관은 자연적인 것과 인공적인 것을 모두 의미합니다. 생태계와 마찬가지로 경관은 뚜렷한 경계가 없습니다. 경관의 주된 경계는 분수령이나 골짜기, 강 하류 삼각주 등입니다. 과학자들은 경관에 대한 지도를 작성하고 유형을 분석하고 그것들을 구성요소들로 나눔으로써 모델을 만들고 어떤 패턴들이 자원에 영향을 미치는지를 연구합니다. 경관 차원에서 더 많은 정보가 있으면, 전문가들은 잠재적인 위험성과 산불, 홍수 또는 가뭄과 같은 재난의 결과를 더 잘 예측 할 수 있습니다. 예를 들어 언덕에 더 많은 집을 지으면, 집이 들어설 공간을 마련하기 위해 더 많은 나무를 베어야 합니다. 그렇게 되면 토양을 침식시키고 새들의 서식지뿐만 아니라, 그 지역을 통한 수문학이나 물의 흐름에 영향을 미칩니다. 숲은 빗물을 정화시킵니다. 빗물이 식물에 흡수되거나 토양에 흡수됨으로써 지표수는 천천히 흐릅니다. 반면에, 포장된 도로에서는 빗물이 스며들지 않아 빠르게 흐릅니다. 얼마나 많은 숲이 사라져야 사람들은 그 차이를 알아차릴 수 있을까요? 습지와 숲, 연못, 언덕 위의 주택지를 아우르는 해안가를 경관이라고 할 수 있습니다. 이런 경관에 대한 연구를 함으로써 오염이 지역 생태계에 어떤 영향을 미치는지를 이해할 수 있습니다. 예를 들어 공장에서 시냇물 혹은 농장에서 지하수로 흘러 들어가는 화학물질의 적정 허용량과 관개를 위해 시내에서 끌어올 수 있는 물의 양을 관리하는 데 경관 연구를 통해 지침을 얻을 수 있습니다. 또한 경관의 영향은 누적적입니다. 한 농장에서 흘러나온 농업폐수는 그 자체로 해안의 어류 양식장에 큰 영향을 주지 못하지만, 전체 축산 폐수가 합쳐지면 물고기에 누적적으로 영향을 줍니다.